I J.J. Abrams’ MI3-film bortføres og fanges den farlige våbenhandler Davian (Philip Seymour Hoffman) af Ethans team, men slipper fra dem og hævner sig ved at bortføre Ethans forlovede Julia. Den umulige opgave er bortførelsen af Davian fra Vatikanet ved højlys dag. Og en ekstra mission er at få fat i filmens macguffin (kaldet The Rabbit’s Foot) i Shanghai. Alt ender godt (for denne gang). Vi får også omsider et tiltrængt indblik i, hvordan teamet laver de masker (og stemmeforvrængere), de så ofte snyder modstanderne med.